员工宿舍罚款制度不合法。分析说明：从法律角度来看，罚款是行政处罚的种类之一，只能由行使国家权力的行政机关或者法律授权行使行政权力的机构行使，用人单位并不具备“罚款权”。因此，用人单位对员工违反宿舍管理规定而进行罚款处理是违法的。用人单位可以将宿舍卫生等纳入绩效考核，但不得直接克扣劳动者的基本工资。提醒：若公司存在持续对员工进行非法罚款的行为，且员工权益受到严重侵害时，表明问题比较严重了，应及时寻求劳动监察部门或专业律师的帮助。
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处理方式：从法律角度，针对员工宿舍罚款制度的处理方式主要有以下几种：一是向劳动保障行政部门投诉、举报；二是向调解组织申请调解；三是依法向有管辖权的劳动争议仲裁委员会申请仲裁；四是依法向人民法院提起劳动诉讼。选择建议：员工可以先尝试与公司沟通解决，若无法解决，则可根据实际情况选择上述处理方式。一般来说，投诉和举报较为快速直接，而仲裁和诉讼则更具法律约束力。
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具体操作：1. **投诉举报**：员工可向当地劳动保障行政部门提交书面投诉或举报材料，详细说明公司非法罚款的情况，并提供相关证据。行政部门将依法进行调查处理。2. **调解处理**：员工可选择向劳动争议调解委员会申请调解，调解委员会将组织双方进行协商，力求达成和解协议。调解结果不具有强制执行力，但可作为后续仲裁或诉讼的参考。3. **仲裁申请**：员工可向劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请书，附上相关证据材料。仲裁委员会将依法进行审理，并作出具有法律约束力的仲裁裁决。4. **诉讼途径**：若仲裁裁决未能满足员工诉求，员工可依法向人民法院提起诉讼。法院将依法进行审理，并作出最终判决。在此过程中，员工需准备好充分的证据材料，以支持自己的主张。