股东申请冻结公司账户需依法进行，不可私自操作。《公司法》等规定，冻结需司法机关执行，私自冻结违法。若不当冻结，可能影响公司正常运营，造成经济损失。
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股东申请冻结账户，应：1. 立即与股东沟通，了解其诉求和原因，尝试协商解决；2. 若协商不成，收集证据，如股东会决议、合同等，准备诉讼材料；3. 提起诉讼，申请法院对公司账户进行合法冻结，确保程序正当，避免不当影响。
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处理股东申请冻结公司账户，常见方式有协商、诉讼等。应先尝试与股东沟通协商，了解诉求并寻求解决方案；若协商无果，可考虑通过法律途径解决，提起诉讼并申请法院冻结。