建设工程合同诉讼时效从知道或应知权利被侵害时起算，为三年。依据《民法典》，若不及时处理，可能导致丧失法律保护的请求权，造成经济损失。
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处理建设工程合同诉讼时效问题，常见方式有协商、调解、仲裁和诉讼。应根据具体情况选择合适方式，如协商不成可考虑调解或仲裁，必要时提起诉讼。
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诉讼时效起算需明确。具体操作：1.知晓权利被侵害时，立即记录并保留证据；2.与对方协商，尝试和解；3.若协商无果，考虑向调解机构申请调解；4.调解不成，根据合同约定选择仲裁或向法院提起诉讼，确保在三年内行使权利。