申请撤销担保合同的方式有协议撤销或法定撤销。协议撤销是当事人协商一致后撤销合同；法定撤销是出现以下情形可以向法院或仲裁机构申请撤销：一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力签订了合同；一方实施欺诈行为签订的合同；重大误解签订的合同；法定其他情形等。